De eigenlijke bestuursbevoegdheid hoort toe aan de 28 scholengroepen.
Elke scholengroep heeft bestuursbevoegdheid over alle instellingen van het Gemeenschapsonderwijs in een welbepaald gebied en omvat minstens een aantal basis- en secundaire scholen, een centrum voor volwassenenonderwijs en in de
meeste gevallen ook een centrum voor leerlingenbegeleiding.
Aan het hoofd staan een algemeen directeur, een raad van bestuur en een college van directeurs. Daarnaast zijn er sinds 1 september 2005 73 scholengemeenschappen actief.
Deze vrijwillige samenwerkingsverbanden hebben vooral adviesbevoegdheid ten aanzien van de scholengroep.
Twee van de 38 scholengemeenschappen voor het basisonderwijs zijn netoverstijgend samengesteld.
Van de 35 scholengemeenschappen voor het secundair onderwijs werken er negen netoverstijgend, één met het gemeentelijk onderwijs, zeven met enkel het provinciaal onderwijs en één met zowel het vrij niet-confessioneel als het provinciaal onderwijs.
